Здравствуйте, Андрей! Усилитель ( если он не относится к D-классу с низким потреблением) включается в аналоговую секцию, независимо от того, есть там бортовой ЦАП или нет. Включить сетевой фильтр после стабилизатора можно, но наверное, тут есть смысл попробовать, как будет лучше для Вашей системы.