Если это делать правильной программой (EAC), правильно настроенной, то можно снять дамп диска без потери качества. А где его хранить потом - это уже не сильно влияет на качество звучания.
Гораздо более существенное влияние на звук окажут потом софтовые и аппаратные (звуковые) возможности Вашего источника.